🧪 药物虚拟筛选
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药物虚拟筛选
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🧪 药物虚拟筛选(分子对接)
基于 AutoDock Vina 的大规模虚拟筛选 · 利用 Xcompute 分布式闲置算力并行对接
① 靶点受体
受体结构文件(.pdb,建议为已去掉水的蛋白结构)
服务器会自动用 OpenBabel 转换为 PDBQT(加氢、加电荷、分配原子类型)。
② 配体库(二选一)
上传配体库文件(.smi / .txt 每行一个 SMILES,或 .sdf)
或粘贴 SMILES(每行一个,可空格后接名称)
示例已填 3 个;真实项目通常几千~上百万个分子。
③ 对接盒子(结合口袋 · Docking Box)
盒中心 X (Center X)
盒中心 Y (Center Y)
盒中心 Z (Center Z)
盒尺寸 X (Size X)
盒尺寸 Y (Size Y)
盒尺寸 Z (Size Z)
选择受体 PDB 后,将依据受体三维结构
自动估算
结合口袋搜索盒(优先基于共结晶配体,无配体时基于蛋白质质心);如需自定义,可直接修改以下数值(6 项全部填写方生效,留空则交由服务端估算)。
④ 调度参数
子任务数(0=自动,按每 200 分子一块)
每块分子数(num_chunks=0 时生效)
搜索 exhaustiveness
返回构象数 num_modes
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化合物
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